J.F's BLOG

反正有大把时光，所以又码出一个音乐网站。基于go语言和bootstrap框架，扔在ECS上，方便平时查查歌词听听曲儿什么的。说是『码』，本质是修改了村雨大大的作品，只是加了歌词栏，微调了下界面而已。之前折腾过几次类似的东西，比如用autoit搞得music manager，又或者修改基于android的quicklyrics，最后都成了半成品，或者自己都懒得用。。。这次正好看见高人已经造好轮子，自然摩拳擦掌跃跃欲试了~

两天的博论终于结束了，好好睡一觉~。

最近需要频繁对oligonucleotide做反向、互补操作，sublime text的actg插件倒是可以满足用快捷键实时转换，可惜只能做reverse complement一个操作。于是自己动手改了个，暂且命名为atcg吧！

今天用BWA处理一个重测序数据，用了下面这条命令

nohup bwa mem -t 8 ~/zjf/ara11/TAIR10_Chr.all.fasta BN4-218_HW3TLCCXX_L3_1.clean.fq BN4-218_HW3TLCCXX_L3_2.clean.fq > me_pe.sam &

原本担心终端掉线导致运行终止，所以用上了nohup命令。没有想到的是末尾的>符号是个大大的陷阱！这会把运行过程中的log信息都写到输出文件里。这个大于号本身不是给nohup用的，而是bwa的一部分！这就是偷懒copy-paste别人命令的悲剧。最后的结果就是，生成的sam文件（30多G）里到处都是log的碎片字串。用samtools调试了一下午才终于意识到这个问题，我是有多愚蠢。。可悲的是一开始居然花费大量时间企图把这些‘刺’都拔掉，直到我发现不仅仅是文件的开头有这些log信息。不过这个过程也google到了一个有用的技巧

$ tail -n +{x} file > newfile

用它删掉文件的前x-1行确实比sed命令要快。

气温回升，日照变长，大自然像变戏法一样展现着勃勃生机。经历我在北京的第一个春天，远没有想象中的那么糟糕。特别是漫天飞舞的柳絮，婴儿肌肤般清凉的春风都是以前不曾遇到过的。年后天气一直不错，除了偶尔几天雾霾比较严重，基本都是阳光灿烂的日子，却也没下过一滴雨。听说这阵子南方雨一直下个不停，完全没有了『春雨贵如油』的意境了好嘛。